Temperatury mają przebieg zbliżony do klimatu równikowego, gdzie średnia roczna wynosi 26 °C. W okresie zimowym średnia dobowa wynosi 24 °C, a latem temperatura sięga 28-29 °C. Dobowe amplitudy są niewielkie i nie przekraczają z reguły 5 °C. Obszary wyżej położone są chłodniejsze. Wysokie partie Cordillera Central cechują się średnią roczną o kilka stopni niższą niż na terenach nizinnych. Średnie wartości wynoszą w ciągu roku 19-21 °C.
Opady są bardzo zróżnicowane i cechują się dużą rozpiętością w kierunkach północny wschód – południowy zachód. Przyczynami są pasaty przynoszące obfite opady deszczu w półroczu letnim i tereny górskie zatrzymujące większość opadów. Toteż północno-wschodnia część wyspy cechuje się typowo równikowymi wartościami rzędu 1500 do 2000 mm, a w górach Sierra de Lequillo opady sięgają nawet 4000 mm. Południe i zachód wyspy są zdecydowanie suche, gdzie średnia roczna opadowa nie przekracza 1000 mm, oscylując w granicach 800 – 1000 mm. Największe opady występują latem w okresie od maja do listopada, a pora sucha trwa kilka miesięcy w półroczu zimowym i jest wyraźnie zaznaczona na terenach o niskich opadach. Region Portoryko leży na trasie niszczycielskich cyklonów tropikalnych.