W 1752, z inicjatywy unickiego biskupa łuckiego i ostrogskiego Teodozego Lubienieckiego monaster w Korcu został przejęty przez bazylianki przy pomocy wojska polskiego. Powrót mniszek prawosławnych nastąpił po II rozbiorze Polski, 12 kwietnia 1795, gdy część Wołynia z Korcem znajdowała się już w granicach Imperium Rosyjskiego. Dwa lata później pożar zniszczył większą część zabudowań klasztornych, które zostały odbudowane przed 1800.
W 1864 w klasztorze zamieszkiwało 55 mniszek i posłusznic, zaś dotychczasowy kompleks budynków monasterskich nie zezwalał na przyjmowanie nowych kandydatek. 10 czerwca tego roku ihumenia Apolinaria (Kniaziewa) zwróciła się do arcybiskupa wołyńskiego Antoniego z prośbą o przejęcie przez mniszki prawosławne zabudowań klasztoru franciszkanek sąsiadującego z monasterem (założonego w 1620). 28 maja 1866 otrzymała na to zgodę; mniszki monasteru Zmartwychwstania Pańskiego zamieszkały w obiektach zlikwidowanego klasztoru katolickiego, który został przekształcony w prawosławny klasztor Trójcy Świętej. Zabudowania zajmowane wcześniej przez zakonnice zostały zmienione w skit Zmartwychwstania Pańskiego, filię klasztoru Trójcy Świętej, częściowo zaś zaadaptowane na szkołę i przytułek.