Inspektor Kanału Bydgoskiego W 1801 r. powrócił do Bydgoszczy, gdzie otrzymał stałą posadę inspektora budowlanego. Do jego obowiązków należał nadzór budowlany w miastach, urzędach domenalnych i leśnych Obwodu Nadnoteckiego oraz nadzorowanie prac na Kanale Bydgoskim. W końcu 1803 r. został mianowany inspektorem budownictwa wodnego i inspektorem Kanału Bydgoskiego, zastępując na tym stanowisku swego przyrodniego brata Johanna, który przeniesiony został do Gdańska, gdzie powierzono mu budowę portu.
Istotą działalności Petersona w Bydgoszczy były prace budowlane związane z Kanałem Bydgoskim, szczególnie intensywne w latach 1801–1805. Od otwarcia kanału w 1774 r., władze pruskie przeznaczały zbyt małe środki na jego utrzymanie, co doprowadziło do tego, że w 1792 r. niemożliwy był transport zboża z Wisły na zachód dla wojsk pruskich.
Peterson w okresie piastowania stanowiska inspektora prowadził stale prace budowlane: oczyścił kanał z naniesionego piasku i roślinności, umocnił jego brzegi, przebudował większość drewnianych śluz na murowane z cegły i kamienia, wzniósł 3 nowe jazy, a w zachodniej części kanału zbudował nową śluzę nakielską.