11 września 1941 r. Leopold poślubił Lilian Baels podczas tajnej ceremonii, która nie jest ważna zgodnie z prawem belgijskim. Początkowo zamierzali poczekać z zawarciem ślubu cywilnego do końca wojny, ale ponieważ para spodziewała się ich pierwszego dziecka, ceremonia odbyła się 6 grudnia 1941 r. Ich związek małżeński był morganatyczny, więc trójka dzieci z tego związku nie posiada praw do sukcesji tronu belgijskiego: Aleksander, książę Belgii (1942–2009), mąż Lei Ingi Dory Wolman Maria Krystyna, księżniczka Belgii (ur. 1951), żona Paula Druckera, a następnie Jean-Paula Gourgesa Maria Esmeralda, księżniczka Belgii (ur. 1956), dziennikarka znana jako „Esmeralda de Réthy”, żona Salvadora Moncady
II wojna światowa Kiedy wybuchła II wojna światowa we wrześniu 1939 r., rządy francuski i brytyjski starały się przekonać Belgię do przyłączenia się do nich. Leopold i jego rząd odmówili, zachowując neutralność Belgii. Belgia uważała się za dobrze przygotowaną na ewentualną inwazję sił państw Osi, ponieważ w latach 30. rząd belgijski poczynił szeroko zakrojone przygotowania, aby powstrzymać i odeprzeć inwazję kraju przez Niemcy, taką jak ta, która miała miejsce w 1914 r.