identyczny hełm uzyskała podwyższona w latach 1568–1580, lecz zbudowana w uproszczonych formach wieża południowa. Poważnymi zmianami w architekturze katedry były likwidacja uszkodzonej w pożarze ozdobnej balustrady osłaniającej rynnę dachową i podwyższenie o około metr murów prezbiterium, przez co zrównały się wysokością z nawą. We wnętrzu chóru wykonano w tynku nową renesansową dekorację. W 1633 podczas walk wojsk cesarskich ze Szwedami i wojskami sasko-brandenburskimi spłonęły wieża południowa, południowa część katedry i dach zakrystii. Zniszczenia jednak odbudowano, w 1672 dobudowano barokową kaplicę Najświętszego Sakramentu, a w latach 1680–1700 kaplicę św. Elżbiety, którą ufundował ordynariusz wrocławski kardynał Fryderyk Hessen (potomek świętej). W następnym okresie biskup Franciszek Ludwik Neuburg ufundował (1716-24 według proj. Fischera von Erlach) kaplicę elektorską Bożego Ciała, a w 1749 dziekan kapituły Krzysztof Runnerch kaplicę zmarłych.