Nowe nawy zaczęto budować od zachodu, otaczając murami stare nawy romańskie, popełniono jednak błąd i oś nawy głównej przesunięta jest od osi prezbiterium o kilkanaście centymetrów, co jest widoczne do dziś w postaci uskoku w południowej zewnętrznej ścianie katedry. Kolejnym etapem była ulokowana za obejściem kaplica Mariacka, zwana też małym chórem, dzieło mistrza Pieszki z lat 1354–1368. Z kolei kaplice boczne i górne kondygnacje wieży północno-zachodniej wraz z hełmem powstały w XV wieku. Wieżę południowo-zachodnią zbudowano tylko do wysokości czterech kondygnacji. Ostatnie przęsło nawy głównej katedry, powstałe w miejscu dawnego romańskiego transeptu, jest dwukrotnie szersze. Przęsło to nakryto asymetrycznym sklepieniem złożonym z trzech trójpromieni, na wzór podobnego przęsła ołtarzowego z katedry w Krakowie. W 1517 roku biskup Jan Turzo ufundował nowy portal zakrystii, uważany za pierwsze dzieło renesansu na Śląsku.
Przebudowy renesansowe i barokowe 19 czerwca 1540 pożar strawił dach, dzwony i hełm wieży północnej. Hełm odbudowano go 16 lat później, ale już w stylu renesansowym;