W 1935 przeniósł się do Warszawy wraz z Sabiną Różycką, jego ówczesną towarzyszką życia. W 1937 roku założył pismo „Zadruga”, które wydawał w Warszawie do 1939 roku. Wokół pisma skupiło się grono zwolenników jego koncepcji historiozoficznej – Józef Grzanka (formalny redaktor odpowiedzialny), Bogusław Stępiński, Antoni Wacyk i in. Członkowie grupy przyjmowali imiona słowiańskie, Stachniuk przybrał wówczas imię Stoigniew, będący później jego pseudonimem w Armii Krajowej.
II wojna światowa W 1939 nie został zmobilizowany. Wraz z niezmobilizowanymi mężczyznami wyruszył na wschód (po apelu ppłk Umiastowskiego z 7 września 1939). W październiku 1939 powrócił do Warszawy. Ponownie skupił wokół siebie środowisko zadrużan, pozyskując też nowych zwolenników. W czasie II wojny światowej był członkiem Stronnictwa Zrywu Narodowego nie brał jednak udziału w bezpośredniej działalności politycznej, koncentrując się na publicystyce – był autorem szeregu artykułów w konspiracyjnych pismach „Zryw” (organ SZN) i „Kadra” – organie Kadry Polski Niepodległej. Używał okupacyjnej kenkarty na nazwisko Mieczysław Adamek. Stachniuk walczył czynnie w szeregach AK w powstaniu warszawskim, w kompanii powstałej na bazie wcielonych do AK żołnierzy KPN, w ramach Zgrupowania mjr „Bartkiewicza” (Śródmieście Płn).