W roku 1962 do służby w Royal Navy wszedł pierwszy okręt podwodny o napędzie atomowym, a w roku 1968 w skład arsenału wprowadzono rakiety balistyczne Polaris z głowicami jądrowymi. W wyniku reorganizacji wydzielono siły do zwalczania okrętów podwodnych, grupę lotniskowców i flotyllę fregat i niszczycieli. Głównym zadaniem Royal Navy podczas ewentualnej wojny miało być zwalczanie radzieckich okrętów podwodnych na północnym Atlantyku.
Brytyjska marynarka we wczesnym okresie zimnej wojny prowadziła nadal działania bojowe na odległych akwenach. W 1946 roku brytyjskie okręty wymuszały na Albanii wolność żeglugi (incydent w Cieśninie Korfu), a w 1949 roku brały udział w działaniach antypartyzanckich na Malajach i działały na Jangcy w Chinach. Marynarka brytyjska wspierała działania sił międzynarodowych w wojnie koreańskiej. W 1956 roku natomiast wraz z marynarką francuską i Izraelem dokonała agresji na Egipt.