W 397 r. został patriarchą Konstantynopola. W stolicy odprawiał nabożeństwa, w których wciąż chwalił zasady ubóstwa, wstrzemięźliwości i jałmużny, a jednocześnie piętnował nadużycia na dworze cesarskim. W 403 r. cesarzowa Eudoksja, żona cesarza Arkadiusza, wraz z biskupami na synodzie „pod dębem” doprowadziła do pozbawienia Jana urzędu i zesłania na banicję. Początkowo wyroku synodu nie wykonano, gdyż w noc jego aresztowania doszło do trzęsienia ziemi, które Eudoksja uznała za znak gniewu Bożego, co skłoniło ją do poproszenia Arkadiusza o przywrócenie Jana do godności biskupiej. Ponieważ jednak Jan Chryzostom kontynuował wystąpienia przeciwko cesarzowej, ostatecznie wygnano go na Kaukaz. Nie dotarł tam jednak, gdyż zmarł w drodze z wycieńczenia. Tuż przed śmiercią rzekł: Chwała Bogu za wszystko.
mały|Manuskrypt w j. syryjskim z IX wieku zawierający homilie Chryzostoma do Ewangelii według św. Jana. Pergamin z Klasztoru św.