21 października 1792 roku odbyła się konsekracja kościoła parafialnego pod wezwaniem św. Michała Archanioła, fundacji księcia Stanisława. W 1794 roku Nowy Dwór odkupił hrabia Ludwik Szymon Gutakowski. Po III rozbiorze Polski Nowy Dwór znalazł się w zaborze pruskim, a po kongresie wiedeńskim w zaborze rosyjskim.

W 1807 roku rozpoczęła się, z rozkazu Napoleona Bonaparte, budowa Twierdzy Modlin, od 1810 roku budowana była już nie jako magazyn żywności, ale obóz warowny. Nadzór nad budową objął, w miejsce generała François de Chasseloup-Laubata, Jean Mallet de Granville (w 1811 roku w pracy przy budowie zatrudnionych było 19 000 ludzi). W okresie od 5 lutego 1813 do 1 grudnia 1813 roku w oblężonej przez Rosjan twierdzy Modlin bronili się Francuzi. W związku z budową twierdzy nastąpiło ożywienie gospodarcze miasta Nowy Dwór, który w 1820 roku stał się miastem rządowym oraz otrzymał prawo do organizowania jarmarków. W tym okresie zaczęły powstawać tu szynki i karczmy oraz rozpoczął się napływ ludności niemieckiej, rosyjskiej i żydowskiej.mały|Okolice Modlina przed 1842|lewoW 1832 roku rozpoczęła się rozbudowa twierdzy Modlin pod nową nazwą NowogieorgiewskNazwa obowiązująca w latach 1834–1915. pod nadzorem generała Iwana Iwanowicza Dehna. Twierdza rozbudowywana była jeszcze w latach 60. XIX wieku.