W 1544 roku nastąpiło odnowienie praw miejskich przez króla Zygmunta Starego„Odnowienie dwóch dokumentów dziedzicom w Nowym Dworze Danym”., w XVII wieku miał miejsce upadek miasta w wyniku licznych powodzi, zaraz, grabieży i wojen. We wrześniu 1655 roku w bitwie pod Nowym DworemWłaściwie bitwa na terenie dzisiejszego Modlina – dzielnicy Nowego Dworu Maz., Stanisławowa i Nowego Modlina. siły polskie mazowieckiego pospolitego ruszenia blokowały przez dziesięć dni przeprawę wojsk szwedzkich, następnie, zmuszone do odwrotu ogniem szwedzkiej artylerii, wykorzystując powstałe fortyfikacje i przeszkody terenowe oderwały się od przeciwnika unikając zniszczeniaDahlberg E., Vera Delineatio Castrorum Suecicorum prope Nowodwor, Puffendorf S., De rebus a Carolo Gustavo…, Norymberga 1696, p. 20. Po potopie szwedzkim miasto podupadło do rangi wsi, którą pozostało aż do końca XVIII wieku. Prywatne miasto szlacheckie, położone w Księstwie Mazowieckim, w 1739 roku należało do klucza Lubomirskich Nowy DwórAdam Homecki, Rozwój terytorialny latyfundium Lubomirskich (starszej gałęzi rodu) w latach 1581–1754, w: „Studia Historyczne”, rok V, zeszyt 3 (58), 1972, s. 440..thumb|Kościół pod wezwaniem św. Michała Archanioła, 1792|lewo20 czerwca 1782 roku folwark Nowy Dwór otrzymał ponownie prawa miejskie od księcia Stanisława Poniatowskiego.