W lipcu 2021 zarządzanie nad Puszczą przejęła spółka Niepołomicki Sport.
W sezonie 2022/23 Puszcza zajęła 5. miejsce w I lidze, czym zakwalifikowała się do baraży o awans do Ekstraklasy. 6 czerwca 2023 zwyciężyła w półfinale 4:1 z Wisłą Kraków, a 11 czerwca 2023 wygrała 3:2 po dogrywce w finale baraży z Bruk-Bet Termalicą Nieciecza, dzięki czemu pierwszy raz w historii wywalczyła awans do Ekstraklasy, który zbiegł się z jubileuszem 100-lecia istnienia klubu. W swoim pierwszym meczu na tymże szczeblu, 23 lipca 2023 przegrała 2:3 przeciwko Widzewowi Łódź. 7 sierpnia 2023 roku, w trzeciej kolejce rozgrywek, Puszcza odniosła pierwsze, historyczne zwycięstwo w Ekstraklasie, pokonując 1:0 Stal Mielec.
Sezony Poziomy rozgrywkoweSezony, opisIIIIIIIVVVIVIISezonLigaPoz.Pkt.BramkiZ/R/PUwagiNazwa MP MO 1946 b.d. b.d. b.d. b.d. b.d. KS Puszcza MP A B C 1947 b.d. b.d. b.d. b.d. b.d. KS Puszcza 1 A B C 1948 b.d. b.d. b.d. b.d. b.d. LZS Puszcza 1 2 A B C 1949 b.d. b.d. b.d. b.d. b.d. LZS Puszcza 1 2 A B C 1949/50 b.d. b.d. b.d. b.d. b.d. LZS Puszcza 1 2 KW KP 1951 b.d. b.d. b.d. b.d. b.d. LZS Puszcza 1 2 1KW 2KW 1952 b.d. b.d. b.d. b.d. b.d. LZS Puszcza 1 2 3 A B C 1953 b.d. b.d. b.d. b.d. b.d. LZS Puszcza 1 2 3 A B C 1954 b.d. b.d. b.d. b.d. b.d. LZS Puszcza 1 2 3 A B C 1955 b.d. b.d. b.d. b.d. b.d. LZS Puszcza 1 2 3 A B C 1956 b.d. b.d.