Aż do wybuchu wojny, zespołowi z Niepołomic nie udało się uzyskać awansu do „B” klasy.
1945–2010 Po wyzwoleniu Niepołomic 11 stycznia 1945 spod niemieckiej okupacji, przystąpiono do odbudowy miasta, jak i klubu.
W dniu 9 maja 1948 Witold Ekiert – wiceburmistrz Niepołomic – został mianowany na prezesa klubu. Wraz z wyborem nowego prezesa, nastąpiła kolejna już zmiana nazwy klubu. Wraz ze Związkiem Samopomocy Chłopskiej zdecydowano o zmianie nazwy z AKS Niepołomice na LZS Puszcza. Nowa nazwa klubu utrzymywała się przez następne długie lata (aż do połowy lat 90.). Nowa nazwa klubu powiązana była także ze zmianą kolorystyki strojów. Wtedy też pojawiły się na strojach barwy żółto-zielone.
W tym samym okresie (lata 90.) zmieniono statut i klub Puszcza przeszła pod patronat Urzędu Miasta i Gminy, mając od tego czasu oficjalny szyld: Miejski Klub Sportowy „Puszcza” Niepołomice. Nazwa ta wykorzystywana jest do teraz.
2010– W 2010 r. zespół wywalczył awans do II ligi. W sezonie 2011/12 zajął 3. miejsce w II lidze i awansował do 1/16 finału Pucharu Polski. W sezonie 2012/2013 po remisie 1:1 z Concordią Elbląg (9 czerwca 2013) drużyna wywalczyła historyczny awans do I ligi, który zbiegł się z jubileuszem 90-lecia istnienia klubu.