Reformacja została wprowadzona w Gerze w 1533 r. wbrew woli wójtów przez Wettynów. Po wojnie szmalkaldzkiej w 1546 r. Wettynowie utracili Gerę na rzecz Ziem Korony Czeskiej, która jednak nie miała żadnego wpływu na miasto, tak że Vogts i esp. Reussowie (którzy wyłonili się z Vogts w połowie XVI wieku), ponieważ rzeczywiście władcy zostali wzmocnieni. W XVI wieku niektórzy sukiennicy z hiszpańskiej Holandii wyemigrowali do Gery jako uchodźcy religijni na zaproszenie Henryka II, hrabiego Reuss-Gera i rozwinęli działalność tekstylną w Gerze.
W 1673 r. Reussowie zostali podniesieni do cesarskich hrabiów, co dało im pełną suwerenność w Świętym Cesarstwie Rzymskim; Gera stała się ich królewską rezydencją. W latach 1686 i 1780 wielkie pożary miejskie zniszczyły większość budynków w Gerze. Miasto zostało odbudowane stosunkowo jednolicie w latach 80. XVIII wieku w stylu późnobarokowym, który do dziś wyznacza centrum miasta.
W 1806 r. Napoleon założył swoją cesarską kwaterę główną w Gerze podczas wojny czwartej koalicji. Stąd 12 października 1806 r. cesarz francuski celowo wysłał do króla Fryderyka Wilhelma III Pruskiego arogancki i groźny list, który skłonił Królestwo Prus do wojny i miażdżącej klęski w bitwie pod Jeną kilka dni późniejChristopher Clark, „The Iron Kingdom” (Londyn, 2006), s.