Ruch pasażerski miał natomiast ograniczony charakter. Według rozkładu z 1943 roku przez Czeremchę kursowała jedna para pociągów mieszanych w relacji Platerów–Czeremcha, jedna para Czeremcha–Wołkowysk oraz dwie pary pociągów Czeremcha–Hajnówka, z których jeden docierał bezpośrednio do Białowieży. Jednocześnie linia była intensywnie wykorzystywana przez transporty wojskowe i zaopatrzeniowe Wehrmachtu.
Okupacja niemiecka wiązała się również z represjami wobec mieszkańców. W noc z 31 grudnia 1942 na 1 stycznia 1943 roku została podpalona i doszczętnie zniszczona katolicka kaplica przy stacji kolejowej wraz z całym wyposażeniem; odtąd nabożeństwa odprawiano w prywatnych domach. W 1943 roku Niemcy zamordowali również kierownika miejscowej szkoły Zygmunta Misiewicza, którego grób znajduje się na cmentarzu w Czeremsze.