Podstawowe zagrożenia dotyczą przekształceń naturalnego środowiska, czyli zmian w drzewostanach: przerzedzanie drzewostanów (powoduje rozluźnienie zwarcia koron drzew i niemożność przemieszczania się popielic), fragmentacja drzewostanów (powstają małe, izolowane populacje tych gryzoni; bardzo często nawet niewielkie drogi śródleśne, nad którymi korony drzew się nie stykają, stanowią dla popielic barierę nie do przebycia); zmniejszanie się powierzchni starych drzewostanów, w których popielice znajdują odpowiednie warunki do życia (baza pokarmowa, kryjówki).
W Polsce realizowano dwa projekty mające na celu ochronę popielic szarych. Na terenach, gdzie popielice nie występują, zaś warunki środowiskowe wydają się dla nich odpowiednie, można przeprowadzać introdukcje/reintrodukcje tych ssaków. W Polsce przeprowadzono (Polskie Towarzystwo Ochrony Przyrody „Salamandra” oraz Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu) dwie udane akcje tego typu. Na terenie Sierakowskiego Parku Krajobrazowego popielica występowała jedynie na jednym stanowisku – dokonano udanej reintrodukcji w innych, sprzyjających miejscach.