Niziny ograniczają się od wybrzeża, oraz przewężenia łączącego wulkaniczny cypel z odnogą.
Klimat thumb|300px|Klimatogram Jan Mayen Jan Mayen leży w strefie klimatu subpolarnego, morskiego. Na wyspie jest wilgotno i zimno. Wyspa przez większość roku znajduje się pod wpływem mas arktycznego powietrza.
Zimy są mroźne i średnie wartości wynoszą zawsze poniżej zera, minimalne wartości sięgają –30 °C, latem także jest zimno, ale nie mroźno. Średnie letnie wartości wynoszą nieco powyżej zera, a maksymalne temperatury mogą w ciągu dnia osiągnąć 15 °C. Generalnie przez cały rok jest zimno – wpływ oceanu jest niewielki i odzwierciedla się jedynie w wysokiej wilgotności powietrza, która przez cały rok wynosi około 85%.
Wpływ oceanu jest niewielki; potęguje to bliskość ogromnej masy lądowej Grenlandii, toteż opady są niewielkie. Opady sięgają 400 mm rocznie. Co niezwykłe, przez większą część roku utrzymuje się duże zachmurzenie, a do częstych zjawisk należą mgły. W ciągu roku występują one średnio w trakcie 90 dni. Kolejną charakterystyczną cechą są silne wiatry, wiejące na wyspie przez cały rok. Opady przez znaczną część roku występują w postaci śniegu, jednak w półroczu letnim najczęściej mają postać deszczu ze śniegiem i marznącego deszczu.