Ukształtowanie poziome i pionowe thumb|left|300px|Jan Mayen – Beerenberg Linia brzegowa Jan Mayen jest słabo rozwinięta, istnieje tylko kilka niewielkich łagodnych zatok. Wybrzeże w wielu miejscach jest skaliste i klifowe, w innych znowu tylko skaliste, w pozostałych miejscach wybrzeże jest niskie. Wybrzeże jest poszarpane, przez działanie wód oceanicznych, pogody jak działalności lodowców. Klify w wielu miejscach przybierają malowniczy charakter, gdzie występują formy skalne w postaci baszt i bram wyciętych przez fale.
Jan Mayen jest wyspą pochodzenia wulkanicznego, skład się z dwóch części: długiego na 27 km wąskiego półwyspu, i szerokie na 15–18 km cypla, na którego obszarze wznosi się wulkan. Wyspa leży w pobliżu podmorskiego uskoku, gdzie łączą się płyty: północnoamerykańska i euroazjatycka. Wyspa zbudowana jest ze skał wulkanicznych, głównie z bazaltów. Najwyższym punktem Jan Mayen jest wulkan Beerenberg o wysokości 2277 m n.p.m. Wulkan jest wciąż aktywny, poważna erupcja miała miejsce we wrześniu 1970 roku, w wyniku której powierzchnia wyspy powiększyła się o 3,5 km². Ostatnia w 1985 roku. Wulkan wieńczy ogromny krater o średnicy 1,5 km. Wyspa jest górzysta, także jej wąska odnoga zawiera wzniesienia o wysokości rzędu 200–600 m n.p.m.