Niespodziewanie bezpośrednio po przeprowadzce, w jesiennym sezonie Apertura 2007, prowadzona przez Cruza drużyna Atlante, niezaliczająca się do ligowych faworytów, zdobyła pierwsze od czternastu lat mistrzostwo Meksyku, pokonując w dwumeczu finałowym fazy play-off Pumas UNAM wynikiem 2:1 (0:0, 2:1). On sam otrzymał wówczas w plebiscycie Meksykańskiego Związku Piłki Nożnej nagrodę dla najlepszego trenera rozgrywek, a także na stałe zapisał się w historii Atlante – został pierwszą osobą w dziejach klubu, która zdobyła z nim dwa tytuły mistrzowskie.
Niecałe dwa lata od mistrzostwa, w 2009 roku, Cruz wygrał natomiast z Atlante najbardziej prestiżowe rozgrywki Ameryki Północnej – Ligę Mistrzów CONCACAF. Jego podopieczni pokonali wówczas w dwumeczu finałowym meksykański Cruz Azul łącznym wynikiem 2:0 (0:0, 2:0) po golach Fernando Navarro i Christiana Bermúdeza. Dzięki temu kilka miesięcy później drużyna mogła wziąć udział w Klubowych Mistrzostwach Świata, gdzie pokonała w ćwierćfinale nowozelandzki Auckland City (3:0), w półfinale przegrała z Barceloną (1:3), zaś w meczu o trzecie miejsce przegrała po rzutach karnych z południowokoreańskim Pohang Steelers (1:3, 3:4 k.), zajmując ostatecznie czwarte miejsce w turnieju.