Premierowy mecz w meksykańskiej Primera División, zakończony druzgocącą porażką, poprowadził 14 sierpnia 2004 z Guadalajarą (0:7), jednak mimo słabego początku na koniec swojego pierwszego sezonu zdołał doprowadzić zespół aż do półfinału decydującej o mistrzostwie ligowej fazy play-off. Był to jednak jego jedyny większy sukces podczas swojej pierwszej pracy w tym klubie – został zwolniony we wrześniu 2005 wskutek słabych wyników (jego podopieczni w ostatnich jedenastu meczach odnieśli jedno zwycięstwo).
Po odejściu z pierwszej drużyny Cruz pozostał jednak w Atlante, gdzie w 2006 roku pełnił rolę szkoleniowca drugoligowych filii tego zespołu – wiosną prowadził Club León, natomiast jesienią Real de Colima, z obydwoma ekipami plasując się w czołówce drugoligowej tabeli. Jego dobra praca sprawiła, iż w styczniu 2007 zarząd klubu zaufał mu po raz kolejny i znów mianował go na stanowisko trenera pierwszego zespołu Atlante. Po upływie pół roku siedziba klubu po ponad 90 latach została przeniesiona ze stołecznego miasta Meksyk do miasta Cancún w leżącym na południowym zachodzie kraju stanie Quintana Roo.