W 1912 roku Whittaker objął stanowisko profesora Uniwersytetu Edynburskiego po zmarłym w listopadzie 1911 George’u Chrystalu. Został tam do końca swojej kariery zawodowej. Faktycznie przeszedł na emeryturę w 1943, lecz podczas II wojny światowej zgodził się pomagać przez następne trzy lata. Wkrótce po tym, jak wrócił do Edynburga, założył Edynburskie Laboratorium Matematyczne, gdzie zaczął realizować praktycznie swoje zainteresowania z analizy numerycznej. Wiele jego wykładów na ten temat zostało zebranych w książce, którą opublikował w 1924 i zatytułował: „Rachunek obserwacji: traktat w matematyce numerycznej”.
Dorobek naukowy Matematyka, fizyka i historia nauki Z praktycznej strony matematyki, Whittaker był zainteresowany przez wiele lat teorią względności, publikując co najmniej pięć artykułów na ten temat. Pracował także nad teorią elektromagnetyczną, dając w ten sposób rozwiązanie równania Maxwella. Jednym z jego najważniejszych studiów było „A history of the theories of Aether and Electricity, from the ages of Descartes to the Closes of the Nineteenth Century” („Historia teorii eteru i elektryczności od Kartezjusza do końca XIX wieku”).