Kariera zawodowa W 1896 roku Whittaker został członkiem Trinity College i zaczął wykładać w Cambridge. Jego pierwszymi uczniami w Cambridge byli Godfrey Harold Hardy i James Hopwood Jeans. Whittaker dokonał rewolucyjnych zmian w dydaktyce i tematyce nauczania w Cambridge. Nauczał matematyki na podstawie swojej sławnej książki A Course of Modern Analysis. Niniejsza praca jest ważna szczególnie dla studiujących złożone funkcje zmienne. Oprócz matematyki Whittaker wykładał na Cambridge szereg innych przedmiotów, takich jak: astronomia, optyka geometryczna, elektryka i magnetyka. Udział Whittakera w nauce astronomii zaznaczył się nie tylko w kursie jaki wykładał, lecz także uwidocznił się w przyjęciu go do Royal Astronomical Society. Od 1901 do 1906 roku służył tam jako sekretarz. W 1906 roku został Królewskim Astronomem Irlandii i przeprowadził się do Obserwatorium Dunsink, gdzie pracował Hamilton. W tym samym czasie został mianowany profesorem astronomii na Uniwersytecie w Dublinie.