W 2006 roku Lazio wraz z trzema innymi klubami było zamieszane w tzw. Aferę Calciopoli, związaną z ustawianiem meczów. 14 lipca 2006 wyrokiem trybunału klub został zdegradowany do Serie B oraz ukarany odjęciem 7 punktów na początku rozgrywek. Poza tym Lazio zostało pozbawione możliwości gry w kolejnej edycji Pucharu UEFA. Jednak w związku z odwołaniem, jakie wytoczyły władze klubu, sąd apelacyjny włoskiej federacji piłkarskiej anulował degradację i ukarał klub 11 ujemnymi punktami na starcie kolejnego sezonu Serie A. Podtrzymana została decyzja o pozbawieniu możliwości udziału w kolejnej edycji Pucharu UEFA. 27 października 2006 Sąd Arbitrażowy zdecydował o zmniejszeniu kary do 3 ujemnych punktów. mały|lewo|upright|Simone Inzaghi – trener Lazio od 2016 r. W 2009 roku Lazio zdobyło piąty w historii klubu Puchar Włoch po zaciętej walce z Sampdorią Genuą – wygrana w rzutach karnych 6-5 (remis 1:1 po 120 minutach gry, gol Mauro Zarate).
W 2013 roku kolejny tryumf w tych rozgrywkach po starciu z odwiecznymi rywalami, Romą 1:0 po bramce Senada Lulica.