Ponownie aresztowano go w maju 1991 w związku ze śledztwem w sprawie ofiar śmiertelnych na Murze Berlińskim. Ze względu na zły stan zdrowia został zwolniony 14 sierpnia 1992.
W listopadzie 1992 przed berlińskim sądem krajowym rozpoczął się proces przeciwko Honeckerowi, Stophowi i czterem innym politykom NRD w związku ze strzałami na granicy NRD – RFN. W czerwcu 1993 postępowanie przeciwko Stophowi zostało zawieszone ze względu na zły stan jego zdrowia.
10 października 1994 berliński sąd administracyjny orzekł, że Stoph nie odzyska skonfiskowanego mu w 1990 majątku w wysokości 200 000 marek. Sąd stwierdził, że zdobył on przedmiotowy majątek w wyniku wykorzystywania swojej pozycji w państwie. Stoph wystąpił bowiem do sądu o zwrot majątku, po przeliczeniu jego wartości na marki niemieckie.
Przez ostatnie lata życia, po likwidacji zamkniętego osiedla dla członków Biura Politycznego w Wandlitz, mieszkał w trzypokojowym mieszkaniu przy Spandauer Straße 2 w Berlinie.
Willi Stoph zmarł w zapomnieniu 13 kwietnia 1999 w Berlinie.
Stoph wchodził w skład najwyższych władz NRD nieprzerwanie przez 40 lat.