Główną świątynią monasteru stała się jednonawowa cerkiew Narodzenia Matki Bożej zwrócona apsydą w kierunku bramy wejściowej, z ikonostasem wykonanym przez artystów greckich. Monaster w Cetyni pozostawał siedzibą również kolejnych władyków Czarnogóry do momentu wzniesienia przez Piotra II Petrowicia-Niegosza kompleksu pałacowego znanego jako Bilardówka.
Monaster był wielokrotnie niszczony w czasie licznych najazdów wojsk osmańskich. W 1692 r. w trakcie wojny Świętej Ligi z Imperium Osmańskim, mnisi z Cetyni sami podłożyli proch pod budynek monasteru i po wkroczeniu wojsk osmańskich wysadzili go w powietrze, aby nie został sprofanowany przez innowierców. W 1712 uległ zniszczeniu podczas wojny rosyjsko-osmańskiej, odbudował go zaś władyka i biskup Sawa Petrowicz w roku 1743. W latach 1785 i 1796 Turcy doszczętnie zrujnowali dopiero co odbudowany monaster (który wówczas także był siedzibą władców Czarnogóry). W 1886, dla upamiętnienia pierwszego monasteru w Cetyni, książę Mikołaj I wzniósł na miejscu jego głównej cerkwi kaplicę, w której został następnie pochowany razem z małżonką.