Została ona jednak przerwana po awarii steru głębokości podczas zanurzenia awaryjnego. Po raz trzeci AE2 wyszedł z Mudros w stronę Dardaneli kolejnej nocy, przepływając w zanurzeniu większość drogi przez tureckie zagrody minowe. Okręt spędził pod powierzchnią około 16 godzin, był ostrzeliwany przez artylerię nadbrzeżną i atakowany przez patrolowce przeciwnika. Nad ranem, już w głębi cieśniny, komandor Stoker podjął próbę ataku torpedowego na kotwiczący tam pancernik (przeddrednot) „Turgut Reis”, jednak wystrzelona torpeda okazała się niecelna. Po przeczekaniu w zanurzeniu kontrakcji mniejszych jednostek tureckich AE2 dotarł wieczorem do wejścia na Morze Marmara. W ten sposób, w dzień lądowania żołnierzy ANZAC pod Gallipoli, jako pierwszy aliancki okręt podwodny sforsował Dardanele.
W ciągu kolejnych trzech dni dowódca australijskiego okrętu kilkakrotnie podejmował próby ataków torpedowych na tureckie jednostki, między innymi na drugi przeddrednot „Barbaros Hayreddin”, jednak znów były one nieskuteczne, zaś zaalarmowani obecnością przeciwnika Turcy wzmocnili siły lekkie na akwenie. W końcu, 29 kwietnia komandor Stoker skierował AE2 z powrotem w kierunku Dardaneli, licząc na przechwycenie jakiegoś celu w okolicy wejścia do cieśniny.