Status kolegiaty świątynia straciła w 1800 w wyniku kasaty józefińskiej. Później, do 1945, pełniła funkcję miejskiej fary.
Z fundacji króla Jana III Sobieskiego gdański rzeźbiarz Andreas Schlüter wykonał w Warszawie w latach 1692–1693 parę okazałych nagrobków: Jakuba Sobieskiego, ojca monarchy oraz Stanisława Daniłowicza (jego wuja ściętego przez Tatarów). Na ścianach natomiast król umieścił ogromnych rozmiarów płótna przedstawiające największe odniesione przez siebie zwycięstwa – pod Chocimiem (1673), pędzla gdańskiego malarza Andrzeja Stecha, pod Wiedniem i pod Parkanami (1683), autorstwa Włocha z pochodzenia, Marcina Altomonte. W podziemiach kościoła zostali pochowani najbliżsi monarchy.
Kolegiata na przestrzeni dziejów szczęśliwie uniknęła pożarów i grabieży. W latach 1862–1867 oraz na początku XX w. została gruntownie odnowiona. W okresie II Rzeczypospolitej proboszczem parafii w Żółkwi był ks. dziekan Wawrzyniec Ożga, staraniem którego dokonano odnowy murów i zadaszenia świątyni. W takim stanie przetrwała do końca II wojny światowej.