Bonaparte i współpracownicy zasugerowali, że Faxinalipterus może być najbardziej prymitywnym i najwcześniejszym znanym pterozaurem. Jego skamieniałości odnaleziono w formacji Caturrita w stanie Rio Grande do Sul, około 1,5 km na północny wschód od miasta Faxinal do Soturno. Wiek osadów tej formacji datuje się na przełom karniku i noryku – prawdopodobnie są starsze niż późny noryk, a tym samym mogą być o kilka milionów lat starsze od najstarszych znanych europejskich pterozaurów, takich jak eudimorfodon, peteinozaur i preondaktyl. W pobliżu szczątków Faxinalipterus odkryto również skamieniałości cynodontów, dicynodonta Jachaleria, przedstawiciela Procolophonidae z rodzaju Soturnia, lepidozauromorfów, w tym sfenodontów z rodzaju Clevosaurus, oraz dinozaura gadziomiednicznego Guaibasaurus. Formacja Caturrita zawiera osady kontynentalne, a nie nadmorskiej strefy przybrzeżnej, co dowodzi, że Faxinalipterus żył w innych ekosystemach niż inne wczesne pterozaury.