W marcu 1942 został aresztowany przez Niemców i do lipca 1942 był osadzony w więzieniu na Łukiszkach, skąd został przetransportowany do Wyłkowyszek. Od października 1942 przebywał w obozie ciężkiej pracy w Szałtupiu koło Kowna, z którego w lipcu 1944, w sytuacji zbliżającego się frontu radzieckiego, udało mu się zbiec i wrócić do Wilna.
Jesienią 1944 został mianowany prefektem reaktywowanego seminarium wileńskiego, w którym wykładał katolicką naukę społeczną i prawo publiczne Kościoła. Gdy w lutym 1945 seminarium zostało zamknięte przez litewskie władze sowieckie wraz z księżmi Janem Krassowskim i Aleksandrem Chodyką zorganizował uczelnię w Białymstoku, która rozpoczęła działalność w maju 1945. W 1946 został wicerektorem białostockiego seminarium. Do czasu przyjazdu z Wilna księdza Michała Sopoćki prowadził w nim wykłady również z jego przedmiotów – pedagogiki i katechetyki.