Wody Janikowo leży nad Jeziorem Pakoskim (od zachodu) i rzeką Noteć, która opływa je od północy. Kilka kilometrów na północ od miasta znajduje się duża zapora wodna oraz śluza. Zapora ta została wybudowana w latach 70. XX wieku, aby chronić tereny położone niżej przed powodzią. Efektem wybudowania tamy jest spiętrzenie jeziora o około 3–4 metry. W granicach miasta znajdują się dwa mosty (kolejowy i drogowy), które spinają obydwa brzegi jeziora. Dla umożliwienia żeglugi jezioro jest w odpowiednich miejscach pogłębione.
Przyroda i zieleń miejska W odległości kilku kilometrów na zachód od miasta znajduje się kompleks lasów mierucińskich, należący do Nadleśnictwa Gołąbki. Brzegi jeziora zostały zadrzewione i przystosowane dla potrzeb turystów i wędkarzy. Park miejski znajduje się przy ulicy Głównej. Poza nim w mieście są jeszcze parki przy dwóch zespołach pałacowych: przy ulicy Kasprowicza i Łącznej. Występują tu rzadkie odmiany modrzewiu.
Pomnik przyrody Na placu przed dworcem kolejowym rośnie dąb szypułkowy o obwodzie 424 cm i wysokości 15m. Jest on zakwalifikowany jako pomnik przyrody. W dniu 9 listopada 2021 Rada Miejska nadała mu imię „Dąb Jan” na cześć zabitego przez hitlerowców kierownika janikowskiej szkoły Jana Wojciechowskiego.