Współpraca z Wilsonem zaowocowała jeszcze dwoma albumami – wydanym w drugiej połowie 2002 Deliverance, oraz wydanym niecałe pół roku później Damnation. Początkowo oba albumy miały być wydano jako jeden podwójny album – materiał do nich powstał w tym samym czasie, podobnie nagrania studyjne. Deliverance jest uważany za jeden z najcięższych albumów zespołu i jednocześnie jeden z najłagodniejszych ze względu na ogromne kontrasty wewnątrz utworów. Damnation natomiast jest całkowicie progrockowym albumem i bezpośrednio nawiązuje on do brzmienia charakterystycznego dla progresywnych zespołów lat 70.
W 2004 roku wydane zostało DVD Lamentations (Live at Shepherd’s Bush Empire 2003) z nagraniem koncertu z 2003, który odbył się w londyńskim Shepherd’s Bush Empire. Koncert podzielony był na dwie części – ciężką, zawierającą materiał z Blackwater Park i Deliverance, oraz łagodną zawierającą cały album Damnation oraz utwór „Harvest” z Blackwater Park. Koncert ten był częścią trasy promującej bliźniacze albumy. Podczas tych występów Per Wiberg z zespołu Spiritual Beggars po raz pierwszy współpracował z Opeth, grając partie klawiszy. Wtedy też Opeth po raz kolejny odwiedził Polskę, grając na Metalmanii.