Na mocy pokoju z Beaulieu, kończącego piątą wojnę religijną, w maju 1576 Henryk został gubernatorem Gujenny. Miesiąc później ponownie przeszedł na kalwinizm. Gdy doszło pod koniec 1576 do wznowienia działań wojennych, Henryk nie angażował się w nie za bardzo. W sierpniu 1577, kiedy rozpoczęto rozmowy pokojowe, zwrócili się do niego król Henryk III i jego matka Katarzyna Medycejska. Król Nawarry jako reprezentant hugenotów razem z Ludwikiem diukiem de Montpensier reprezentującym katolików wynegocjowali pokój w Bergerac. Jako gubernator Gujenny zajął się wyciąganiem prowincji z ekonomicznego kryzysu. Wydane przez niego rozporządzenie z Agen przewidywało m.in. kary dla zbrojnych band. Doszło również w tamtym czasie do nieudanego zamachu na jego życie, o który obwiniał markiza de Villars, wicegubernatora przysłanego przez Henryka III. W Bearnie regentką w imieniu Henryka została jego młodsza siostra, Katarzyna de Bourbon.