Marek Biernacki zakończył pełnienie funkcji ministra 22 września 2014 wraz z dymisją rządu Donalda Tuska. Objął następnie funkcję przewodniczącego sejmowej Komisji do Spraw Służb Specjalnych, kierował nią do czerwca 2015. W tym samym miesiącu został powołany przez premier Ewę Kopacz na stanowisko sekretarza stanu w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów oraz koordynatora ds. służb specjalnych, a następnie przez prezydenta Bronisława Komorowskiego w skład Rady Bezpieczeństwa Narodowego. Jako koordynator służb specjalnych kierował m.in. operacją uwolnienia więzionego na Białorusi polskiego żołnierza, w ramach której w zamian przekazano stronie białoruskiej obywatela tego państwa oskarżonego w Polsce o szpiegostwo. Rozmowy odbyły się na Białorusi, przy czym oficjalnie poinformowano, że wizyta dotyczyła współpracy w obszarze zwalczania nielegalnej imigracji. Na skutek tych rozmów przekazano także stronie polskiej kopię raportu skierowanego do Ławrientija Berii, mówiącego o pięciu lokalizacjach, gdzie mogli być kierowani Polacy wzięci przez Sowietów do niewoli na początku II wojny światowej (dokumentu mogącego przyczynić się do odnalezienia tzw. białoruskiej listy katyńskiej). Zlecił szefowi ABW przegląd i odtajnienie dokumentów z tzw. zbioru zastrzeżonego IPN.