6 maja 2013 prezydent Bronisław Komorowski powołał Marka Biernackiego na urząd ministra sprawiedliwości w drugim rządzie Donalda Tuska. Pełniąc tę funkcję, zainicjował kompleksowe zmiany w uchwalonym w drugiej połowie lat 90. kodeksie karnym, przedstawił projekt przyjętej następnie ustawy o ochronie i pomocy dla pokrzywdzonego i świadka, a także zainicjował wprowadzanie systemu nagrywania rozpraw w sądach rejonowych. Kontrowersje podczas jego urzędowania wzbudziła kwestia tzw. ustawy o bestiach, mającej za celu izolację osób skazanych po odbyciu kary (przygotowanej m.in. na skutek tzw. sprawy Mariusza Trynkiewicza). Część środowisk prawniczych i medycznych zarzucała projektowi, że łamie podstawowe zasady prawa karnego oraz prawa człowieka. Marek Biernacki zadeklarował podanie się do dymisji, gdyby ustawę Trybunał Konstytucyjny uznał za niekonstytucyjną. Ostatecznie TK zakwestionował tylko jeden przepis ustawy, nie podważając istoty całej regulacji.