System walki w Suikoden V cechują sześcioosobowe drużyny w czasie potyczki. Każdą z postaci w drużynie steruje się z osobna. Poziom umiejętności w walce danej postaci charakteryzują rozmaite statystyki. Większość umiejętności jest dostępna tylko dla jednej, określonej postaci i tylko 2 z nich może wykorzystać każda z osobna. Koniec gry następuje w przypadku, gdy podczas walki wszystkie postacie stracą punkty życia, przez co będą niezdolne do kontynuowania starcia. Wyjątkiem są walki, w których wygrana jest opcjonalna i w przypadku przegranej gra toczy się dalej, z odpowiednimi konsekwencjami w fabule.
Istnieje możliwość ustawienia formacji taktycznej do walk na siatce o wielkości 6 na 4 pól. Odpowiednie formacje pozwalają uzyskać dodatkowe punkty do statystyk postaci, jak np. zwiększony atak lub obrona, czasami kosztem innych współczynników. Formacje pozwalają także uzyskać możliwość specjalnych ataków. Nowe rodzaje formacji zostają odblokowywane wraz z postępem w grze. Tak jak w poprzednich częściach serii, odpowiednie postacie mają możliwość wykonywania ataków łączonych, co zazwyczaj daje lepsze rezultaty niż ataki w pojedynkę.