W sezonie 2007/2008 piłkarki Unii zagrały już w Ekstralidze. Premierowe spotkanie 2 września 2007 roku z Medykiem Konin na stadionie przy ulicy Srebrnej w Raciborzu retransmitowane było w telewizji TVP 3 Katowice. Mecz, rozegrany przy udziale 800 widzów, w tym przedstawicieli PZPN-u oraz lokalnych władz samorządowych zakończył się porażką zespołu 1:3. Pierwsze zwycięstwo w Ekstralidze przyszło natomiast kolejkę później, kiedy to Unia pokonała na wyjeździe Gol Częstochowa 3:0. Po rozegraniu całej rundy jesiennej drużyna trenera Trawińskiego plasowała się na dobrej, trzeciej pozycji w tabeli. Miejsce to utrzymała także po rundzie wiosennej, zapewniając sobie pewne utrzymanie i pierwsze w historii medale mistrzostw Polski. Niewiele zabrakło również do zdobycia Pucharu Polski, gdzie raciborzanki uległy dopiero w finale przegrywając po dogrywce z Medykiem Konin 3:4. Początek roku 2008 przyniósł też zmiany organizacyjne. W styczniu zespół przestał być sekcją Unii Racibórz i stał się niezależnym klubem.