Sackboy i Da Vinci po wejściu do fabryki znajdują załamanego Clive’a, który wtajemnicza ich w biezące wydarzenia. Okazuje się, że cała fabryka została opanowana przez Negativitrona i zamieniona w więzienie dla Sackbotów, które stały się niewolnikami. Zadaniem Sackboya jest wydostać je i uwolnić całą fabrykę. Pod koniec misji atakuje go jednak jeden ze zniewolonych indyków pilnujących fabryki – Kopernik. Po pokonaniu Kopernika i zebraniu Sackbotów trzej bohaterowie lecą do Avalonii, gdzie Sackboty oraz Sackboy zostaną poddani treningowi.

Po przyjeździe do Avalonii, Avalon Centryfuga uczy Sackboya używać różnych maszyn bojowych. W trakcie treningu Negativitron atakuje Avalonię i Sackboy musi walczyć z najeźdźcami. Pomimo przeciwności Sackboty wsiadają do Wielkiej Rakiety mającej przetransportować wszystkich bohaterów na Planetę Negativitrona. Niestey, kiedy rakieta wystartowała zaatakował ją wielki skorpiono-podobny robot przysłany przez Negativitrona. Pomimo polegnięcia w walce robot posyła swój ostatni strzał tym samym niszcząc Wielką Rakietę, która rozbija się i demoluje Avalonię. Bohaterowie wiedzą, że tylko jedna osoba potrafi ją naprawić – Herbert Higgimbottam. Niefortunnie okazuje się, że Herbert zwariował i jest w zakładzie dla obłąkanych – Azylu Ewy.