Sackboy dzięki Larry’emu da Vinci przeżywa atak Negativitrona.
Po uratowaniu Sackboya Da Vinci postanawia poddać go serii testów, aby sprawdzić, czy ten nadaje się na członka "Sojuszu", którego zadaniem jest pokonanie tyranii.
Po pomyślnym ukończeniu testów i dołączeniu do sojuszu Sackboy i Larry jadą do pałacu Wiktorii von Batysfery (miłości Larry’ego), aby odebrać o niej zamówioną armię Sackbotów. Negativitron ubiega ich jednak atakując pałac, porywa Sackboty i przeprogramuje maszynę piekącą różne stworzenia, co powoduje opanowanie pałącu przez armię mutantów. Pierwszą misją Sackboya staje się pokonanie mutantów, dojście do maszyny i wyłączenie jej. Sackboyowi udaje się to, jednak wtedy Negativitron powraca i wskrzesza maszynę, przy okazji zamieniając ją w wielką pająko-podobną bestię, którą Sackboy pokonuje. Po tych wydarzeniach Larry chce się udać do Fabryki Nowego Jutra należącej do Clive’a Handfotha, gdzie zostały porwane wszystkie Sackboty. Wiktoria decyduje się jednak nie towarzyszyć mu, ponieważ chce naprawić zniszczony pałac.