Wojska paragwajskie idące na południe zostały rozgromione pod Uruguaiana (Brazylia) i próba ataku na północno-wschodnią Argentynę zakończyła się zwycięstwem sił trójprzymierza w 1865. Wojna paragwajska dalej toczyła się głównie w południowo-zachodnim Paragwaju w okolicy Humaitá. W maju 1866 López wysłał swoje wojska w okolice fortu Tuyutí (Bitwa pod Tuyuti), starcie także zakończyło się klęską. Dalsze konflikty w latach 1866–1868 wraz z epidemią cholery przetrzebiły populację Paragwaju, prowadząc do śmierci blisko 2/3 populacji. López poległ w bitwie pod Cerro Cora 1 marca 1870.
Pomimo tego, że częściowy rozbiór Paragwaju pozbawił go na rzecz Argentyny i Brazylii ok. 25 proc. terytorium, to jednak ostatecznie udało mu się zachować niepodległość. Istnienie okrojonego państwa uratowała Brazylia, odrzucając argentyńską propozycję całkowitego rozbioru sąsiada i okupując zagrożone przez Argentyńczyków paragwajskie terytoria (chroniąc je w istocie przed zakusami Buenos Aires) aż do 1876 r.