Longrich nie wykluczył, że szczątki te mogą należeć do więcej niż jednego gatunku, stwierdził jednak, że znanych jest zbyt mało okazów mojoceratopsa i zbyt mało wiadomo o ich stratygrafii, by faworyzować tę hipotezę. Ponadto różnice w morfologii kryz kostnych mogą reprezentować zmienność wewnątrzgatunkową, tak jak u niektórych innych ceratopsów.
Longrich wyróżnił trzy autapomorfie rodzaju Mojoceratops, wskazał też na jego symplezjomorfie z chasmozaurem. Według przeprowadzonej przez niego analizy filogenetycznej najbardziej bazalnym przedstawicielem grupy Chasmosaurinae (Ceratopsinae) jest Chasmosaurus. Mojoceratops tworzy z agujaceratopsem klad bardziej zaawansowany od chasmozaura, stanowiący grupę siostrzaną wobec wszystkich pozostałych przedstawicieli Chasmosaurinae. Z kolei według analizy przeprowadzonej przez Sampsona i współpracowników Mojoceratops jest bardziej zaawansowany od Chasmosaurus i siostrzany względem pozostałych chasmozaurynów, w tym agujaceratopsa.