Z Manchester City odszedł po raz pierwszy na koniec sezonu 2011/12, później jednak wracał, by ostatecznie pożegnać się z klubem po podpisaniu umowy przez Richarda Wrighta w ostatnim dniu okna transferowego.
W styczniu 2013 roku Nielsen był na okresie próbnym w duńskim SønderjyskE Fodbold. W kwietniu natomiast podpisał kontrakt z pierwszoligowym Silkeborgiem. w którym miał zająć miejsce kontuzjowanego bramkarza Lasse Heinze. Zadebiutował w pierwszej drużynie 8 kwietnia w przegranym 0:1 meczu przeciwko Aalborg BK. Później rozegrał dla klubu jeszcze siedem spotkań.
3 lipca 2013 Gunnar Nielsen podpisał dwuletni kontrakt ze szkockim klubem Motherwell, do którego w 2008 roku wypożyczył go Manchester City. Jego barwy reprezentował po raz pierwszy 8 sierpnia 2013 roku w meczu Ligi Europy przeciwko Kubaniowi Krasnodar, w którym popisał się obroną rzutu karnego. Przedłużająca się kontuzja Lee Hollisa sprawiła, że Nielsen rozegrał w pierwszym sezonie gry na Fir Park, 23 spotkania i cztery razy zachował czyste konto. W kolejnym nie pojawił się natomiast ani razu, a jego kontrakt został rozwiązany 4 marca 2015 roku za obopólnym porozumieniem.