Pod koniec października 1939 r. przedostał się do Gdańska, gdzie poinformował biskupa Spletta o masowych represjach nazistowskich wymierzonych w Kościół katolicki na Pomorzu. Przeżył wojnę, pracując do 1945 r. jako jedyny ksiądz w pelplińskiej parafii. SS-Sturmbannführer (w cywilu berliński profesor archiwistyki), któremu Sawicki był potrzebny do pomocy przy ewidencjonowaniu i zagrabianiu cennych pozycji z biblioteki seminarium. Szansę na ocalenie miał również ksiądz Walter Schütt – kanclerz Kurii Diecezjalnej, a zarazem rodowity Niemiec. Według relacji świadków dowodzący akcją SS-Untersturmführer Adolf Teufel nakazał mu odejść, lecz ksiądz Schütt miał mu odpowiedzieć: „Pójdę z moimi kolegami. Będę z nimi dzielił ich los”.
Aresztowanych księży pozbawiono osobistych dokumentów, portfeli i zegarków. Następnie poustawianych w trójki pognano poza miasto i w pobliskim Lasku Bielawskim kazano wykopać zbiorowe groby. Niemcy zrezygnowali jednak z przeprowadzenia egzekucji, gdy zorientowali się, że wyznaczone do tego miejsce mogłyby obserwować osoby postronne. Aresztowanych księży pognano z powrotem do Pelplina, zamieniając przemarsz w szyderczą defiladę. W jej trakcie duchownych kopano, bito bykowcami i kolbami karabinowymi oraz szczuto psami.