6 sierpnia 2005 chilijskie władze wkroczyły do kolonii i zajęły jej majątek jako materiał dowodowy w śledztwie przeciwko jej byłym przywódcom. W kwietniu 2006 byli mieszkańcy kolonii wystosowali publiczne przeprosiny i prosili o wybaczenie za 40 lat łamania praw człowieka oraz z powodu molestowania dzieci. W liście opublikowanym w „El Mercurio”, jednej z największych gazet Chile, stwierdzili, że charyzmatyczny lider Paul Schäfer zdominował ich myśli i ciała, kiedy molestował dzieci.
Tortury Śledztwo Amnesty International i chilijskiej Narodowej Komisji Prawdy i Pojednania potwierdziło również, że Colonia Dignidad była wykorzystywana przez chilijskie służby bezpieczeństwa DINA do przetrzymywania i torturowania więźniów politycznych w okresie dyktatury Augusto Pinocheta. Większość z odkrytych przestępstw miała miejsce w latach 1973–1977, jednak precyzyjne daty są trudne do ustalenia. Współpraca Schäfera z Pinochetem zapewniła mu bezpieczeństwo mimo żądań ekstradycji ze strony Niemiec. Po upadku dyktatury w Chile Schäfer poczuł się zagrożony i ukrywał się aż do dnia aresztowania.