Po restauracji monarchii Karol II preferował Zamek Windsor, lecz używał również pałacu w Hampton Court, zwłaszcza jako miejsca posiedzeń rady królewskiej. Z czasów Karola II pochodził kanał, wykopany na osi pałacu oraz pomieszczenia w południowo-wschodnim narożniku, będące apartamentami jego kochanki, Lady Castlemaine.
Dynastia Orańska Po rewolucji angielskiej z lat 1688–1689 nowi władcy: Maria II i Wilhelm III zatrudniają Christophera Wrena do przeprowadzenia gruntownej przebudowy pałacu, który miał stać się główną rezydencją królewską, w miejsce nielubianego przez Wilhelma III pałacu Whitehall. Oryginalny plan Wrena zakładał rozbiórkę całego pałacu Tudorów (poza salą jadalną). Jednak z powodu braku czasu i środków rozebrano tylko apartamenty mieszkalne z czasów Henryka VIII. Wkrótce po rozpoczęciu prac, w grudniu 1689, z powodu nadmiernego ich tempa oraz kiepskiej jakości zaprawy doszło do zawalenia się części nowo wznoszonych murów.
Prace przerwała śmierć królowej, Marii II. Owdowiały Wilhelm stracił zainteresowanie projektem, znajdującym się wówczas na etapie zakończonych prac murarskich.