To zapoczątkowało długotrwały i bolesny proces podziału Floty Czarnomorskiej pomiędzy niepodległe państwo ukraińskie i Federację Rosyjską.
Pierwszym z epizodów tego procesu był przypadek dozorowca SKR-112 (projektu 159A) – pierwszego okrętu SWM SZUUkrainian Navy, GlobalSecurity.org Website: 20 lipca 1992 załoga SKR-112 oznajmiła, że jest to ukraińska jednostka i podniosła ukraińską banderę. Dowództwo Floty w Moskwie uznało to za bunt i poleciło odpowiednio zareagować. Tymczasem okręt opuścił swą bazę na Krymie i skierował się do Odessy, co spowodowało pościg i próby staranowania przez okręty wciąż lojalne wobec Moskwy. Wkrótce kilka kolejnych okrętów, jak również jednostek pomocniczych i załóg instalacji brzegowych Floty Czarnomorskiej poszło w ślady SKR-112, ale reakcja nie była już tak ostra.
W roku 1997 nastąpił oficjalnie podział okrętów, baz i wyposażenia pomiędzy oba państwa. Nowa rosyjska zachowała historyczną nazwę „Floty Czarnomorskiej”, jak również prawo do użytkowania większości baz na Krymie na dziesięć lat, tj. do roku 2017. Nowo utworzona SWM SZU otrzymała pewną liczbę okrętów (w większości przestarzałych lub nie nadających się do użytkowania) i część instalacji brzegowych.