W grudniu 1918 roku, kiedy pod Sewastopolem pojawiły się okręty Ententy, ukraiński kontradmirał W. Kłoczkowski (Вячеслав Клочковський) kazał podnieść na okrętach rosyjskie bandery św. Andrzeja, co miało być gestem dobrej woli. Jednak dowódcy sił Sprzymierzonych odczytali ów gest inaczej: zajęli okręty i przekazali je „białym”. Ukraińcom z całej floty został tylko niewielki oddział piechoty morskiej. Dowództwo marynarki istniało do roku 1921.
Współcześnie thumb|SKR-112 pod banderą ukraińską We wrześniu 1991 roku w Sewastopolu powstał Związek Oficerów UkraińskichUkrainian Navy History, GlobalSecurity.org Website. Związek ów stał się zalążkiem organizacyjnym ukraińskiej floty.
Na początku 1992 roku część personelu Floty Czarnomorskiej opowiedziała się za niepodległością Ukrainy. Już w styczniu przysięgę na wierność narodowi ukraińskiemu złożył personel kompanii szkolnej Szkoły Nurków Floty, żołnierze 880 Wydzielonego Batalionu Piechoty Morskiej i załogi kilku okrętów nawodnych.
Historia współczesnej Marynarki Wojennej Ukrainy rozpoczęła się 1 sierpnia 1992 roku, kiedy to została oficjalnie powołana do życia dekretem prezydenta Leonida Krawczuka.