Tam o dalszym losie aresztowanych decydowała urzędująca w obozie specjalna komisja, złożona początkowo z SS-manów wchodzących w skład Einsatzgruppe IV (specjalnej grupy operacyjnej SD i policji bezpieczeństwa), a później z funkcjonariuszy przybyłego z Gdańska tzw. Einsatzkommando 16 (EK 16). Komisja, na której czele stał radca kryminalny (Kriminalrat) Jakob Lölgen – szef bydgoskiej filii EK 16 – decydowała, których więźniów należy zwolnić lub wysiedlić do Generalnego Gubernatorstwa, których skierować do obozów koncentracyjnych, a których zlikwidować na miejscu. Często w obozie zjawiały się również niemieckie kobiety, które wskazywały więźniów rzekomo biorących udział w bydgoskiej „krwawej niedzieli”. Skazanych na śmierć rozstrzeliwano następnie bez sądu w odludnych miejscach pod Bydgoszczą.
Egzekucje w lasach tryszczyńskich Miejscem pierwszych masowych egzekucji przeprowadzanych w okolicach Bydgoszczy w ramach akcji „Inteligencja” stały się okolice wsi Tryszczyn, położonej około 10 kilometrów na północ od Bydgoszczy. Niemcy wykorzystali w tym celu rowy strzeleckie ciągnące się wzdłuż brzegów Brdy, które polscy żołnierze z 62.