Apogeum Trzy lata później (Zemsta Sithów) krwawa wojna pomiędzy Republiką a Separatystami powoli osiąga swoje apogeum. Padmé w czasie tych wydarzeń spotykała się z Mon Mothmą i Bailem Organą, którzy podobnie jak ona doszli do wniosku, że trzeba usunąć z urzędu Palpatine’a, zagarniającego coraz większą władzę. Delegacja 2000 była zaczątkiem Sojuszu Rebeliantów, utworzonego wiele lat później.
Tymczasem Anakin przeżywał w snach okropne wizje, w których widział Padmé umierającą w połogu. By nie dopuścić do jej śmierci, przyłączył się do Palpatine’a, który ujawnił przed nim swoją prawdziwą tożsamość – Mrocznego Lorda Sithów – i obiecał, że nauczy go posługiwać się Ciemną Stroną Mocy, co pozwoli mu na uratowanie ukochanej. Anakin wpierw zabił wszystkich Jedi w świątyni na Coruscant, a następnie z polecenia Imperatora poleciał na Mustafar. Obi-Wan chciał odszukać Anakina, by go zabić (gdyż stanowił zbyt duże zagrożenie), ale Padmé nie miała odwagi powiedzieć mu, gdzie udał się jej mąż. Zaniepokojona tym, co usłyszała, sama udała się na Mustafar. Z sytuacji skorzystał Kenobi, który zakradł się na jej statek. Padmé dotarła na planetę i zarzuciła Anakinowi, że nie jest już tą samą osobą, którą znała, że zabił młodzików Jedi na Coruscant. Anakin próbował ją pocieszyć i zapewnił, że razem mogą władać galaktyką.