Senator Naboo Padmé bardzo się zaprzyjaźniła z młodym Anakinem, lecz gdy Obi-Wan przyjął go na swojego ucznia, Skywalker musiał przenieść się na Coruscant, by szkolić się na przyszłego rycerza Jedi. Kilka lat później Amidala zrezygnowała ze stanowiska królowej, mimo że poddani chcieli przedłużyć jej dożywotnio kadencję. Została senatorem, zajmując miejsce dawnego senatora Naboo, Palpatine’a, który stał się Wielkim Kanclerzem Republiki.
Tuż przed rozpoczęciem wojen klonów dojrzały już Anakin Skywalker dostał za zadanie chronić senator Padmé. Podczas wspólnego pobytu w posiadłości na Naboo oboje zakochali się w sobie, mimo różnicy wieku i ciążących na nich obowiązków. Amidala bała się jednak do tego przyznać. Zdecydowała się wyznać swoją miłość dopiero na arenie planety Geonosis, gdzie wraz z Anakinem miała zostać stracona za szpiegowanie Konfederacji Niezależnych Systemów, która produkowała na tej planecie armię do walki z Republiką. Z opresji wyciągnęli bohaterów rycerze Jedi i siły nadesłane przez Republikę. Rozpoczęła się bitwa o Geonosis, w której Padmé brała czynny udział. Pod koniec Ataku Klonów kobieta bierze z Anakinem potajemny ślub.