Przyczynił się do utworzenia w 1852 szkoły katolickiej w Poniecu. W latach 1854–1858 sprawował urząd radcy konsystorialnego. W 1854 został ustanowiony kanonikiem katedralnym poznańskim (miał nim zostać już w 1847, ale jego nominację zablokowały władze pruskie).
16 listopada 1854 został prekonizowany biskupem pomocniczym archidiecezji poznańskiej ze stolicą tytularną Samosata. Święcenia biskupie przyjął 1 stycznia 1855 w kościele św. Klaudiusza w Rzymie. Konsekrował go kardynał Giacomo Filippo Fransoni w asyście Paula Cullena, arcybiskupa metropolity Dublinu, i Thomasa Granta, biskupa diecezjalnego Southwarku. W 1855 objął opiekę duchową nad nowo powstałym Zgromadzeniem Służebniczek Bogarodzicy. Na początku 1865 arcybiskup metropolita gnieźnieński i poznański Leon Przyłuski, po otrzymaniu propozycji promocji do godności kardynała i przejścia do pracy w Kurii Rzymskiej, przedstawił papieżowi jego jako kandydata na swojego koadiutora, jednakże Pius IX odrzucił tę kandydaturę, wskazując na biskupa Mieczysława Ledóchowskiego, nuncjusza papieskiego w Brukseli. W międzyczasie w marcu 1865 zmarł arcybiskup Przyłuski, a kapituły gnieźnieńska i poznańska przystąpiły do wyborów kandydatów na urząd arcybiskupi. W ich wyniku biskup Stefanowicz uzyskał trzecie miejsce, ale lista sześciu kandydatów została odrzucona przez rząd pruski.